"Khủng hoảng Lennox" là một vấn đề chính trị nan giải ở Anh bắt nguồn từ tham vọng của nhà Lennox: Matthew Stewart, Bá tước thứ tư của Lennox, đứng hàng thứ ba trong danh sách kế vị ngai vàng ở Anh, và vợ ông Margaret Douglas là cháu gái của vua Henry VII.[7] Gia tộc Lennox theo Giáo hội Công giáo Roma và là hi vọng của các thế lực công giáo ở cả hai nước, nếu họ có thể đoạt được ngai vàng.[7]

Khi Henry II của Pháp chết vào tháng 7, 1559, anh trai của Lennox, Sieur d'Aubigny, được thăng chức trong triều Pháp trong cương vị là bà con thân tinns của hoàng hậu mới, đồng thời là nữ hoàng Mary. Aubigny sắp xếp cho Darnley đến triều đình Pháp để chức mừng Mary và Francis II của Pháp trong lễ lên ngôi của họ và tìm cách khôi phục lãnh địa Lennox. Mary không đồng ý trả lại đất của Lennox thuộc Scotland, nhưng bà đã tặng 1.000 curon cho Darnley và mời ông đến dự lễ đăng quang của bà.[8] Kế hoạch của Lennox là khẩn cầu trực tiếp với Nữ hoàng Scotland thông qua của ông, qua mặt cả Elizabeth và Nhà Giuse. Sứ mệnh của người đại lý cho Lennox, Nesbit, có vẻ như quá liều lĩnh; không chỉ là Lennox sẵn sàng bàn giao Darnley và em trai của ông là Charles làm con tin để mong khôi phục địa vị, nhưng ông đã trình ra gia phả của Darnley, cho thấy quyền của mình để thừa kế của ông tại cả Anh và Scotland cũng như của nhà Hamilton và Douglas.[9] Aubigny về sau bị buộc tội giúp đỡ Mary mưu đoạt ngai vàng của nước Anh và gợi ý rằng ngay cả cháu trai của ông cũng có tư cách kế vị cao hơn so với Elizabeth.

Lennox sắp đặt Nesbit trông coi Mary, Darnley và thầy của Darnley, John Elder. Năm 1559, Nicholas Throckmorton, đại sứ của Anh quốc tại Paris, cảnh báo Nữ hoàng Elizabeth rằng Elder là "nguy hiểm đối với nước Anh như những gì ông biết."[10]

Nhà sử học Sarah Macauley chú thích, "Sau Nữ hoàng Scotland, Darnley là người có tư cách tranh giành quyền thừa kế tại Anh với Elizabeth. Ông cũng là sự lựa chọn của nhiều kẻ thù của Elizabeth mong muốn ngôi vua là nam, vì ông sinh ra tại Anh và theo Công giáo. Paget đưa ra giả thiết vào tháng 3 năm 1560 nói rằng những người Công giáo sẽ đưa Darnley lên ngôi trong trường hợp Nữ hoàng băng hà 'cũng được xét đến. "[cần dẫn nguồn]

Vào mùa hè năm đó, thế lực của Elizabeth đã được tăng cường đáng kể.[11] Francis Yaxley là một gián điệp đáng chú ý. Là người Công giáo, Yaxley đã từng là một mục sư cho Signet và đã được đi theo William Cecil từ năm 1549, nhận nhiệm vụ của ông ta đi đến Pháp quốc[12] Yaxley xếp đặt Mabel Fortescue và phụ nữ khác làm người hậu trong các gia đình Lennox ở Settrington vào tháng 10, 1560.[13] Yaxley đã được Margaret Douglas thu dùng; trong cuộc thẩm vấn tại Tháp London tháng 2 năm 1562, tiết lộ rằng ông đã thu thập được thông tin về triều đình Anh từ viên Đại sứ Tây Ban Nha, và viên đại sứ thông qua ông anh ta và Hugh Allen chuyển những thông điệp và vật kỉ niệm cho Lennoxes và Darnley. Yaxley thừa nhận rằng nhiệm vụ của ông được dự định là sắp xếp cuộc hôn nhân của Nữ hoàng xứ Scotland với Darnley, rằng tôn giáo Darnley bảo đảm cho ông có cơ hội kết hôn thành công với nữ hoàng Scotland hơn là Bá tước Arran, và rằng Margaret Douglas có nhiều bạn bè "trong hoàng gia." [14] Mặc dù các mối đe dọa từ Lennox không bao giờ chấm dứt, Elizabeth đã không kết tội bị gia đình này là phản quốc năm 1562 sau khi họ bị bắt và cũng không khuyến khích việc giết chết hoặc là bãi bỏ tư cách của Margaret kế vị ngai vàng; dù bà ta tìm cách truy xét về tính hợp pháp của Nữ hoàng. Có lẽ, như đã được dự đoán, Elizabeth sợ rằng các cuộc điều tra diễn ra thì bản thân cũng sẽ bị điều tra; hoặc nếu không thì hành động của bà mang dự định là để đảm bảo sự tồn tại của chế độ quân chủ bằng cách không làm giảm số lượng những người có khả năng kế vị. Gia đình Lennox đã được phóng thích vào tháng 2 năm 1563, và trong vòng vài tháng, Darnley và mẹ thường được nhìn thấy trong triều đình, và nhận được sự ủng hộ mặc dù Elizabeth không thích sự có mặt của Bá tước trong triều.[15]

Sarah Macauley lưu ý ba kết quả của quyết định cuối cùng của phiên xét xử Lennox:.

"Vị thế được nâng cao của họ tại triều đình, khi nó bắt đầu vào năm 1563, là một sự phức tạp hữu ích trong vấn đề kế vị, nó thể hiện một tuyên bố công khai rằng thực lực của Quốc hội (các yêu cầu kế vị của Catherine Grey trong các cuộc khủng hoảng liên tiếp) không thể quyết chính sách riêng của Nữ hoàng. Thứ hai, ưu các Lennoxes có thể là như biểu hiện cho thấy sự nhân nhượng đối với người Công giáo ở Anh, người, giống như các đại sứ Tây Ban Nha, có thể thấy trước Elizabeth đặt tên Darnley làm người kế nhiệm mình... đầu cơ như vậy cũng sẽ đánh lạc hướng chúng từ người tranh ngôi đáng gờm hơn là Nữ hoàng Scots... Thứ ba, và quan trọng nhất là vị thế của nhà Lennox là một trở ngại giữa Nữ hoàng Scots với ngai vàng Anh. Như vậy là duy nhất thừa kế Darnley của 'Anh' đưa vào sử dụng cuối cùng... Việc phóng thích tiếp theo Darnley về Scotland và sự khôi phục địa vị của cha ông tại triều đình Scotland là một phần của chính sách này: thảm họa chính trị từ hôn nhân Darnley như chưa được lường trước. "[16].

Tháng 9 năm 1564, Scotland Quốc hội khôi phục quyền và các chức danh Matthew Stewart như Bá tước Lennox.